У маленькіх дзяцей пры гарманальных парушэннях лячэнне можа заключацца ў ін'екцыях Тэстастэрон, дазоўку і рэгулярнасць прыёму якіх ўсталёўвае эндакрынолаг. Такое правільнае лячэнне павялічвае памер пеніса. Калі мікрапеніс выкліканы тканінамі пеніса, неадчувальнымі да тэстастэрону, гэта гарманальнае лячэнне не дае эфекту.

Чым раней будзе выяўлены микропенис, чым хутчэй будзе пачата лячэнне, тым больш эфектыўным яно будзе. Лячэнне таксама можа спатрэбіцца ў перыяд палавога паспявання. Пасля палавога паспявання гарманальнае лячэнне больш не эфектыўна, таму што тканіны больш не рэагуюць аднолькава.

Хірургічнае лячэнне микропениса     

У дарослым узросце, калі мікрапеніс не лячылі або калі лячэнне не было дастаткова эфектыўным, хірургія магчыма. Аднак гэта не заўсёды дае пераканаўчыя вынікі.

Разрэз звязкі суспензорны палавога члена, які ідзе ад палавога члена да Лабко, можа быць прапанаваны. Ён ніякім чынам не змяняе пеніс, але часткова адлучае яго ад лабка, робячы яго больш доўгім. Назіраецца павелічэнне ад 1 да 2 см у млявым стане і 1,7 см пры эрэкцыі. Такое падаўжэнне набываецца за кошт няўстойлівага эрэгіраваннага пеніса, паколькі ён горш прымацаваны да Лабко, што можа абцяжарыць пранікненне.

THEаўтолагічнае ўвядзенне тлушчу прадугледжвае ўвядзенне суб'екта тлушчу пад скуру пеніса. Гэта ніяк не падаўжае пеніс, але візуальна робіць яго тоўшчы. Толькі частка назапашанага тлушчу з часам не засвойваецца арганізмам (ад 10 да 50% у залежнасці ад суб'екта). Рассмоктванне можа быць нераўнамерным і прывесці да выгляду «ружанцавага» члена.

Мікрапеніс можа мець значныя псіхалагічныя наступствы, асабліва ў падлеткавым узросце, важна, каб чалавеку аказалі дапамогу і прынялі да ўвагі яго сумневы.